Awal mulanya daerah ini diketemukan oleh orang lio Van Such Telen, warga negara Bapak Belanda Mama Lio, tahun 1915. Keindahannya dikenal luas setelah Y.
Bouman melukiskan dalam tulisannya tahun 1929. Sejak saat itu wisatawan asing mulai datang menikmati danau yang dikenal angker bagi masyarakat setempat. Mereka yang datang bukan hanya pencinta keindahan, tetapi juga peneliti yang ingin tahu kejadian alam yang amat langka itu juga.
Baca Juga: Keputusan Mengejutkan, Istri Ridwan Kamil Mundur dari Pilwalkot Bandung
Kawasan Kelimutu telah ditetapkan menjadi Kawasan Konservasi Alam Nasional sejak 26 Februari 1992.